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2022年06期
馬氏珠母貝（Pinctada fucata）血細胞全長轉錄組測序與分析
| 作 者 | 王菁, 李桂英, 陳志煒, 郭煥娣, 龔曉晴, 王忠良 |
| 第一作者 | 王菁 |
| 作者單位 | 廣東海洋大學水產學院,廣東湛江 |
| 卷 號 | 50 |
| 發表年份 | 2022 |
| 發表刊期 | 6 |
| 發表頁面 | 86-90 |
| 關 鍵 字 | 馬氏珠母貝；全長轉錄組；SSR標記；可變剪切 |
| 摘 要 | ［目的］開發馬氏珠母貝（Pinctada fucata）基因組資源，挖掘功能基因。［方法］以馬氏珠母貝血細胞為試材，利用單分子實時技術（singlemolecule real time,SMRT）進行全長轉錄組測序，并對所獲得unigenes進行功能注釋和基因結構分析。［結果］共獲得277 064條全長非嵌合序列和82 381個基因。經過比對nr、SwissProt、KEGG 和 KOG數據庫進行注釋和功能分類后，共得到59 621個注釋基因。同時，在8 493條基因中共發現11 219個SSR位點，其中以二核苷酸重復基元類型最高（50.9%）。生物信息學分析鑒定得到20 013個lncRNA、2 004個轉錄因子、10 522個可變剪切分析位點。［結論］使用SMRT技術能夠深入挖掘馬氏珠母貝全長轉錄組數據，為進一步探討馬氏珠母貝功能基因的挖掘、免疫響應及遺傳機制的研究提供可靠的基因組資源。 |
| 附 件 |
馬氏珠母貝（Pinctada fucata）血細胞全長轉錄組測序與分析
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