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2022年21期
須彌葛葉綠體基因組密碼子使用偏好性分析
| 作 者 | 萬美暄，黃顯俊，李雪，徐立 |
| 第一作者 | 萬美暄 |
| 作者單位 | 大理大學基礎醫學院，云南大理 |
| 卷 號 | 50 |
| 發表年份 | 2022 |
| 發表刊期 | 21 |
| 發表頁面 | 102-107 |
| 關 鍵 字 | 須彌葛；密碼子偏好；最優密碼子；自然選擇 |
| 摘 要 | ［目的］揭示須彌葛葉綠體基因組中影響其密碼子使用偏好和模式的因素。［方法］利用 CUSP在線程序、Codon W 1.4.2、Microsoft Excel、SPSS 24.0等軟件，計算并分析須彌葛葉綠體基因組中52條蛋白質編碼基因序列（coding sequences，CDS）的密碼子使用偏性指標和堿基組成。［結果］須彌葛密碼子更偏好A/U結尾的密碼子。52條CDS的有效密碼子數（effective number of codon，ENC）以及各項偏性指標分析結果均提示密碼子偏好性較弱。相關性分析顯示，ENC與GC1、GC2的相關性均不顯著，但與GC3相關性極顯著，表明須彌葛密碼子第3位堿基組成對其密碼子偏好性影響較大。通過ENC-plot、中性繪圖、PR2-plot分析發現，須彌葛葉綠體基因組同義密碼子使用偏好性的主要影響因素是自然選擇；最后篩選出10個最優密碼子UUG、CUU、UCC、UCA、CCA、ACA、GCA、UAU、CAU、AGA。［結論］該結果可為須彌葛葉綠體基因組密碼子優化、遺傳修飾及系統進化的相關研究提供理論依據。 |
| 附 件 |
須彌葛葉綠體基因組密碼子使用偏好性分析
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