,歡迎光臨bat365官网登录雜志社官方網站！
稿件查詢：
2016年28期
基于銀鯧RNA-seq數據中SSR標記的信息分析
| 作 者 | 劉磊，彭士明，高權新，張晨捷，施兆鴻 |
| 第一作者 | 劉磊 |
| 作者單位 | 中國水產科學研究院東海水產研究所，農業部東海與遠洋漁業資源開發利用重點實驗室，上海 |
| 卷 號 | 44 |
| 發表年份 | 2016 |
| 發表刊期 | 28 |
| 發表頁面 | 102-105 |
| 關 鍵 字 | 銀鯧；轉錄組測序；SSR標記, |
| 摘 要 | ［目的］開發銀鯧分子標記技術。［方法］通過對銀鯧（Pampus argenteus）進行高通量轉錄組測序（RNA-seq）獲得銀鯧轉錄組原始試驗數據，經過拼接后，獲得3 715 603條unigene序列。采用生物信息學分析軟件MISA對所有unigene進行簡單重復序列（simple sequence repeat，SSR）位點鑒定。同時，利用軟件對銀鯧轉錄組SSR的多態性進行評價。［結果］銀鯧轉錄組水平上，共鑒定出107 007個SSR位點，分布在97 289條unigene中，發生頻率為2.62%，SSR平均密度為476個/Mbp。在銀鯧轉錄組SSRs中，單核苷酸與二核苷酸重復序列為主要重復類型，分別占總SSRs的48.14%和34.10%。銀鯧轉錄組數據中SSR序列共包括424種重復基元類型，單核苷酸重復基元A占較高比例，占同一重復類型SSRs的49.57%，二核苷酸重復基元TG/AC和三核苷酸重復基元GAG/AAC是優勢重復基元，分別占同一重復類型SSRs的42.43%和9.61%。重復序列長度在12 bp以上的SSR標記位點數占總SSR的76.95%，具有豐富的多態性。［結論］銀鯧SSRs位點具有極大的可開發性，可為銀鯧遺傳多樣性研究、遺傳圖譜構建及分子輔助育種提供有效工具。 |
| 附 件 |
基于銀鯧RNA-seq數據中SSR標記的信息分析
|
| 注：若需下載，請右鍵單擊另存 |
- 上一篇： 大豆粉中水分含量測定的研究
- 下一篇： 未名玫瑰葡萄秋水仙素誘導與鑒定
